【新唐人北京時間2023年07月22日訊】（接前文）我們在前面的章節通過列舉科學事實，已經從十二個方面論證了原版的達爾文「進化論」假說是不能成立的。第一，以偏概全；第二，混淆概念；第三，驗證失敗；第四，違反自然規律；第五，人不是猴子變的；第六，不是「慢慢演化」而是「突然爆發」；第七，不是「自然選擇」而是「有意設計」；第八，看似「結構退化」其實「大有用處」；第九，不是「殘酷競爭」而是「共生互惠」；第十，不是「科學事實」而是「欺騙造假」；第十一，生命的複雜高效直接否定「進化」；第十二，與「進化」背道而馳的基因。
卻被後來很多支持者附和，不斷地給其理論體系填塞進去新的內容，即使後來人們探索到的與「進化論」背道而馳的科學發現，也都被放到「進化論」的「大框」裡面，讓人無法再有任何機會反對「進化論」。
在本系列文章的第三章的《中》篇裡，我們列舉了大量遺傳基因學研究否定物種進化的例子。在第三章的《下》篇裡，我們再繼續列舉一個被「進化論」體系利用的工具──「系統進化樹」。
大多數中國人都知道家譜或族譜。如果你想追溯你的家族的起源和變化，你可以建立一個家譜，將你的祖先和後代連接在一起。
生物學領域由於受到達爾文「物種演化」錯誤觀念的影響，人們發明了一個「系統進化樹」。與系統發生樹的概念類似，試圖假設不同物種之間的演化親緣關係，類似於人類家譜中各個成員之間的親屬關係。
在這個「系統進化樹」中，每個物種就像是家族中的一個成員，而分支和連接的線條則表示演化中的分歧和共同祖先。你可以追溯某個物種的祖先、它與其它物種的關係以及它的後代，就像你在族譜中找到你的祖先和兄弟姐妹的信息一樣。
人的確有家族淵源關係，可「系統進化樹」是沒有根據的假想之樹。樹上的「節點」是假想的，不同生物物種之間的親緣關係是假想的。所謂的「大樹」是一個根本就不存在的「假想之樹」。研究系統進化樹的科學家遇到的困難重重：到底選哪個基因？同樣的數據，用不同的方法去分類，就會產生很不一樣的輩分關係。剛剛還是爺爺，又被鑑定為孫子，輩分混亂。
究其根本原因，是因為達爾文的「物種進化」是一個錯誤的模型。用達爾文的錯誤的「物種進化」思想試圖去理解生命的起源、解釋生命基因的大數據，就像盲人摸象一樣，永遠也看不清。
大家都知道樂高（LEGO）玩具，數百個相似的零件，可以根據組裝者的設計意圖組合成許多不同的形狀。每次組裝出的產品都可以千差萬別、截然不同，或是飛機，或是城堡等等，林林總總。那麼這些飛機和城堡是否一定需要一個共同祖先、不同組裝產品之間是否一定需要一個親緣關係呢？在這一章節中，我們將從多個層面進一步闡述這些問題。
四、「系統進化樹」的致命缺陷
達爾文假想的「進化樹」，試圖描繪一幅根本不存在的、生命從最簡單的單細胞生物進化到人類的畫面。我們在前面的章節已經用翔實的科學研究證據，從生物學研究的不同層面、不同角度反覆論證了一個物種不可能變化成另一個物種的這個鐵律。也就是說，達爾文假想的「生命之樹」，根本上是一棵沒有任何科學根據的、立不起來的「樹」。
「系統發生樹」或「系統發育樹」（phylogenetic tree），原本是為了展示地球上觀察到的生物的多樣性、構建生物分類的基本工具，可用於各種生物物種之內的相似性分析。²³⁰
不幸的是，自達爾文時代以來，這個原本與「進化論」風馬牛不相及的分析工具，也被達爾文進化假說體系成功收編，成為一個被用來繪製達爾文假想的「進化樹」的強大工具，被強行賦予「進化」的內涵，名稱也經常被誤叫成「系統進化樹」。
不少人被貌似枝繁葉茂的「系統進化樹」所迷惑，誤認為現代分子生物學成功地為進化假說找到大量證據。但殊不知，所謂的「系統進化樹」的主幹跟「物種起源」假說一樣，是被主觀臆想出來的，是一棵沒有根據的假想之樹。
4.1 起源和變異
生物分類學之父林奈（Carl von Linné, 1707—1778）1753年發表《植物種誌》（Species Plantarum），以拉丁文的屬名與種名，開啟了生物分類的序章。
林奈將植物與其生長環境的關係分為六種，並依照動物形體的結構，將其區分為「哺乳類」「鳥類」「兩棲類」「魚類」「昆蟲類」和「蠕形動物類」。這是最早的以形態、生理結構和生活習性為依據命名生物的古典分類法。後人根據林奈發明的生物分類方法進一步去完善，把所有生物都按照界、門、綱、目、科、屬、種進行分類。
這種分類法本身並沒有什麼錯，各種生物本來就是千姿百態、共同生活在地球上，這就是物種的生物多樣性。
Phylogeny這個詞源於德語的Phylogenie，是系統發育、系統發生的意思，早期的系統發育研究主要建立在形態特徵的基礎上。可是，達爾文「進化論」的支持者、德國生物學家恩斯特‧海克爾（Ernst Haeckel, 1834—1919）在1866年編造了一個根本不存在的「胚胎演化圖」之後，同一年還畫了一棵錯誤的「人類系統進化樹」，錯誤地給地球上的各種生物人為地定義了一個共同祖先，然後再按照假想的先後順序在一棵樹上表示出來。就像一棵大樹，從一個主幹開始，不斷分化，一步一步長出枝條和樹葉。²³¹
就這樣，「系統發生」的概念被強加上「進化」的內容，被利用來把達爾文「物種進化」假說的「生命之樹」具象化，變成了一棵「系統進化樹」，加強了達爾文的錯誤假說對人的錯誤引導。
有句英文成語說，一張圖勝過千言萬語（A picture is worth a thousand words）。好圖用於傳遞真理和引人向善的信息，的確能起到巨大的正面作用，可是，圖畫這個強大的視覺工具，如果被利用來傳遞根本上虛假錯誤的信息，那麼，一張圖也壞過千言萬語。
1966年德國生物學家威利‧亨尼格（Willi Hennig, 1913—1976）出版的《系統發育系統學》（Phylogenetic Systematics），成為系統生物學的基礎。在這本書中，亨尼格坦率承認特別重要的「排序」的任務是如何艱難和複雜。²³²
當人們對物種的排序一籌莫展的時候，恰逢現代分子生物學的發展給人們帶來了大量新的基因數據。剛開始看到這些數據的人，就像進入一個琳瑯滿目的糖果商店，感到十分興奮。興奮之餘，人們就開始通過採用各種各樣的基因數據和方法，組建各種各樣的系統發生樹。
人們通常會根據不同物種基因的差異程度構建進化樹。進化樹的每個節點（Node）代表共同祖先或導致物種分化的事件。樹枝代表進化的分支，也稱為演化支（clade），而樹葉通常表示一個具體的物種。建構進化樹時，可以使用有根法（rooted）來找到假定的共同祖先，或使用無根法（unrooted）無需假定共同祖先。
目前存在多種建構進化樹的方法，包括鄰接法（Neighbor joining, NJ）、似然法（Likelihood）、簡約法（Parsimony）和貝葉斯法（Bayesian）。由於數據或方法的限制，有時候可能出現一個節點分出多個演化支的情況。
需要注意的是，這只是對建構進化樹過程的簡要描述，具體的方法和應用可能更加複雜且多樣。
1990年，美國微生物學家卡爾‧沃斯（Carl Woese, 1928—2012）、德國植物學家和微生物學家奧托‧坎德勒（Otto Kandler, 1920—2017）與美國微生物學家馬克‧L‧惠利斯（Mark L. Wheelis）提出了一個由古細菌、細菌和真核生物三個系統組成的「生命之樹」。²³³
後來，人們根據生物體中廣泛分布的核糖體RNA（rRNA）的小亞基16S(18S) rRNA的基因重建假設的生命進化樹。²³⁴
由生物學家和數據庫開發人員等合作開發的、提供所假定的物種演化的在線資源TimeTree，初版於2007年發布。
2015年TimeTree包含2,274篇發表的文章涉及的50,632個物種，以螺旋的形式呈現²³⁵。同年9月，發布了包含更多新物種數據的開放生命之樹²³⁶。2016年發布的一種新版本，納入了更多的基因數據²³⁷。2022年，第五版發布，包含4,075篇已發表的文章涉及到的137,306個物種，是迄今為止規模最大的版本。²³⁸
儘管「進化樹」在整個發展過程中耗費了眾多科學工作者的時間和精力，貌似越來越繁榮壯大，但其實它根本上是錯誤的，存在著與生俱來的理論缺陷。
4.2 假想的「節點」
構建「系統發生樹」的一個大前提是，假定一個物種和另一個物種之間存在「共同祖先」。它是以現有的基因學證據或形態學證據推論過去發生的親緣關係事件。
「（做）系統發育分析最基本的假設是，一棵樹上的所有基因序列都是同源的，即來自一個共同的祖先。無論是否同源，都會用這個假設來比對基因序列。所有系統樹都會根據該對齊方式構建。然而，如果這些序列實際上不是來自共同祖先，那麼這棵樹將毫無意義，而且很可能會產生誤導。」²³⁹（The most basic assumption of phylogenetic analysis is that all the sequences on a tree are homologous, that is, descended from a common ancestor. Alignment programs will align sequences, homologous or not. All tree-building programs will make a tree from that alignment. However, if the sequences are not actually descended from a common ancestor, the tree will be meaningless and may quite well be misleading. ）
也就是說，「系統進化樹」上不同物種之間的親緣關係都是假想出來的，也就是說，樹的「節點」是假想的、虛構的、根本就不存在的，那些看似枝繁葉茂的參天大樹整個都是虛構出來的，根本就無法站立。
而且，目前未發現可以用來印證不同物種之間存在「共同祖先」的證據。考古學、地質學、分子生物學的大量證據表明，地球上的生命起源不是像達爾文所描述的那種單一、線性、漫長演化的模式，而且也沒有先後順序；相反，地球上生命具有多次爆發→滅絕的重複循環的特點。
很多科學研究都不支持物種演化假說，例如寒武紀突然集中產生的20至35個不同門類生物的化石²⁴⁰，《人類進化》的DNA條形碼快照研究發現地球上十分之九的物種都是在同一個時期（10萬到20萬年前）出現的²⁴¹，猶他州的峽谷國家公園出土的3億年前脊椎骨骼遺骸的化石²⁴²，還有許許多多早在進化假說所假定的人類出現之前的、更久遠年代就已經存在的人類的腳印²⁴³，都構成了顯明的反對達爾文所臆想的「物種進化」的鐵證。
所以，地球上的不同物種的產生，沒有時間上的先後關係，而是幾乎同時、平行產生的，根本就沒有共同祖先，這些節點也根本不存在。所謂的參天大樹是不存在的，實際上可能只是一個個矮小的「灌木」叢。
不同物種基因之間的相關性以及同一物種內的變異度可能是存在的，但這些都不能證明不同物種之間的「宏進化」，即不同節點之間的物種的跳躍。
4.3 虛構的「目錄」
由於系統進化樹一定要把地球上林林總總的生物按照不同類別、假定的物種產生時間做一個排序，就牽扯到分類的問題。
在傳統分類當中，各個類群都有著比較清晰的鑑定特徵。例如哺乳動物的特徵包括胎生哺乳、有毛髮、恆溫等等，鳥類的特徵包括有羽毛、具有喙、卵生等等。
但是，分類方法是一種人為的產物，在等級劃分和命名上往往有非常強的主觀性。
打個比方，我們用電腦管理文件的時候，一個個的文件是客觀個體，但是目錄結構是人為劃分的，每個目錄裡面擺放什麼文件也是人定的。一個文件，既可以放到目錄A中，也可以放到目錄B中，也就是文件與文件之間的位置關係是人定的。這類似於一個個物種是存在的，但是物種之間的親緣關係是人為假想的。
一些生物的奇特的結構和功能也帶來許多不解之謎，比如章魚。
章魚具有非常奇特的身體構造，它有3顆心臟、8個腕足和極其複雜的大腦及神經系統²⁴⁴。章魚有5億個神經元，除了主要的中央大腦，章魚的每條腕足都有一小群控制運動的神經細胞，相當於還有8個獨立的迷你大腦²⁴⁵。
章魚具有一些超凡脫俗的能力：可以解決謎題、改變自己的形狀和顏色，甚至編輯自己的基因。與人類的基因組相比，章魚的蛋白質編碼基因多出了33,000個，而且幾乎每個蛋白質編碼基因中，都存在廣泛的保守的腺苷到肌苷（A-to-I）mRNA編輯位點。與之對比，人類只有1%～3%的蛋白質編碼mRNA具有類似位點²⁴⁶。
更令人意外的是，被歸類到軟體動物中的頭足類的章魚，在5億年前就出現在地球上了。它的這種複雜而又獨特的結構和功能讓科學家十分困惑：在系統進化樹的哪裡去擺放它的位置呢？這真是一個巨大的難題。
正當科學家倍感困惑的時候，2018年，英國白金漢大學天體生物學家、美國密歇根州生物物理中心的一批學者與來自澳洲的學者大膽地在《生物物理學和分子生物學進展》（Progress in Biophysics and Molecular Biology）上發表論文提出，章魚可能是寒武紀大爆發時，附著在彗星上降落在地球的生物。²⁴⁷
關於「章魚到底是怎麼來的」這個問題的答案，我們在後面的章節會繼續探討，但是，科學家這個大膽的猜想，其實反映了人們對地球上生物無比複雜、實在無法理解的一種大膽思索。至少這種思維打破了達爾文只把地球當作一個封閉的體系來看待的那種狹隘、片面地解釋生命起源的模式。
其實每個物種是獨立存在的，物種之間被強加的進化關係，也就是被「系統進化樹」虛構出來的「目錄」路徑，根本就不存在。
4.4 拓撲學錯誤
系統發育分析是一項複雜繁瑣的任務，需要大量的數據處理²⁴⁸。例如，比較不同位點的測序分類群、處理缺失數據以及對所有位點的分析進行複製和比較。在系統進化樹的分析過程中會出現不可避免的拓撲學錯誤。
拓撲學是一門研究空間形狀和連接性質的數學學科，就像孩子們玩的「橡皮泥」，俗稱「橡皮泥幾何」。它主要關注的是物體的變形、拉伸和彎曲。可以把它想像成探索物體之間如何連接在一起的方式。
拓撲學的理論在進化樹中得到應用。系統進化樹的拓撲學錯誤可以用一個比喻來解釋，想像你要繪製一個家族樹，表示家族成員之間的親屬關係。如果你在繪製家族樹時，錯誤地將某些人歸類在不正確的分支上，或者遺漏了某些人的親屬關係，那麼這就是家族樹的拓撲錯誤。這個錯誤可能會導致家族樹不能準確地反映真實的親屬關係。
同樣的，系統進化樹的拓撲學錯誤指的是在建構生物進化關係的樹狀圖時，出現了類似的錯誤，使得物種之間的關係圖不準確，將不同物種之間錯誤連接或者錯誤地將某些物種歸類在同一分支上。
早在1989年，享譽世界的美國國家科學院院士、美國遺傳學會主席邁克爾‧林奇（Michael Lynch, 1951—）在《進化》（Evolution）期刊上發表文章指出：「進行親緣樹分析時可能出現很多問題。如果物種之間的分歧只是由於隨機漂移和突變引起，六個或更多物種之間距離的系統發育樹幾乎總是包含拓撲錯誤。……進一步考慮到物種之間不斷的選擇差異，將導致完全消除準確建樹的可能性，當然也包括系統發育樹的分支點。」（Even with enormous amounts of data, phylogenetic trees fitted to the distances among six or more species will almost always contain topological errors if the mode of divergence has been random drift and mutation. ……Moreover, on closer consideration, it appears that the realization of the assumption of constant selection differentials between species would eliminate completely the possibility of identifying the branch points in a phylogeny.）²⁴⁹
簡單總結，即使在最簡單的中性突變的模型下，當通過輸入種種數據來重建系統發生（生物進化）的關係時，當數據超過六個物種的時候，就已經無法重建物種之間的系統發生（生物進化）關係了。
也就是說，簡單的樹只要稍微大一點，六個或更多物種之間無法保證不出錯，更不用說複雜的樹的模型了。因為現有進化論模型無法應對生物複雜性，好比物理學裡的多體問題或量子力學裡的測不準原理。上面的分析其實是推導出了分子生物學裡的測不準原理。
可是為什麼這麼多的大數據依然無法建立起一棵穩固的系統進化樹呢？
究其根本原因，是因為達爾文「物種進化」是錯誤的假說。用達爾文的錯誤的「物種進化」思想試圖去理解生命的起源、解釋生命基因的大數據，就像盲人摸象，永遠也無法獲知大象的全貌；又像海中撈月，永遠只能是幻想。
所以人們在開始「建樹」時往往熱情高漲，可是實際應用起來，往往是困難重重。比如越是行業內、領域內的精英人士，越是心知肚明一件事──「系統進化樹」有這樣一個與生俱來的「拓撲」錯誤，直接否定了這棵樹的可行性。很多的建樹的文章，往往只是為了獲取學位所走的過場，而並非為了獲取什麼真正的知識。這個缺陷打中的是「進化樹」的死穴，它是一棵根本不可能立起來的樹，因為它必倒無疑。
五、自我矛盾的「系統進化樹」
當人們剛剛獲得大量基因組數據的時候，如獲至寶，以為找到了一個很好的用來描繪「生命之樹」的工具。可是經過一段時間的應用之後，人們越來越發現，基因數據出現的自相矛盾的情況越來越多。
正如1998年美國《科學》期刊的科普作家伊麗莎白‧彭尼西（Elizabeth Pennisi）在《科學》期刊上發表的標題為「基因組數據撼動生命之樹」的文章指出的那樣：「這些基因數據給人們帶來的混亂遠遠多於啟發。」²⁵⁰
5.1 不同基因，不同結果
首先，進化論支持者通常假定所有生物都起源於一個祖先，試圖尋找在生物基因裡面「進化上保守」（也就是通常穩定不變）的基因序列。而到底選擇哪個基因來構建「進化樹」，可謂是一個「見仁見智」的問題。
美國分子遺傳學家費爾德曼（Rorbert Feldman）接受彭尼西的採訪時表示：「用什麼樣的基因，就會得到什麼樣的進化位置。」²⁵¹
舉個例子，細菌研究領域裡，美國微生物學家和生物物理學家卡爾‧理查德‧沃斯（Carl Richard Woese, 1928—2012）提出來，根據細菌核糖體（Ribosome）的小亞基的保守成分16S rRNA基因序列來確定細菌的相似度，以此來確定不同細菌的親緣關係。²⁵²
可是人們後來發現，不同物種之間不光是垂直的傳宗接代的關係，不同物種之間還存在不可思議的基因水平轉移（horizontal gene transfer），指生物將遺傳物質傳遞給其它細胞而非其子代的過程的現象，導致進化樹的結構更加混亂。所以彭尼西在《科學》文章中還指出：「但新測序的微生物基因組以及與酵母等真核生物基因組的比較，使這一清晰的圖景變得混亂，引發了對所有生命分類的懷疑。」²⁵³
5.2 混亂的「家譜」輩分
另一個大問題是，同樣的數據，採用不同的演算法，會得到不同的系統發生樹的結果。最後經常是「公說公有理、婆說婆有理」，造成長期爭論。
大家都熟悉族譜，在族譜裡，同一世代的人被放在同一水平位置上，兄弟姊妹是一代，父母是一代，祖父母是一代。
在系統進化樹中，如果用不同的基因或不同的分類方法，可能出現很不一樣的輩分關係。
一個典型的例子是學術界對裸子植物親緣關係的爭論，紛擾近30年卻仍未有定論。裸子植物可分為蘇鐵、銀杏、柏類、松類和買麻藤類，與被子植物一起組成種子植物。過去的觀點認為買麻藤與被子植物親緣較近，但基於DNA研究的演化生物學已推翻了這一觀點。現在有多個猜想，其中一派認為買麻藤與松類最相近，另一派認為買麻藤與柏類最相近，還有一派認為買麻藤是其它裸子植物的姊妹群，還有另一派認為買麻藤是其它種子植物的姊妹群。²⁵⁴
結果出現了不同觀點的人各執一詞、誰也說服不了誰的局面，五種不同的「進化樹」同時共存。每一種進化樹中，不同種的植物所處的輩分，一會兒是孫子、一會兒是爺爺，就好比同一個人在一個家族裡面，用一種方法分析是爺爺輩的，用另一種方法分析又被鑑定為孫子輩，真是讓人啼笑皆非。
與之類似，山雀的譜系也是五花八門。雖然將多個基因視為單個進化單位是一個很誘人的假設，但許多問題可能導致出現完全不同的系統進化樹。²⁵⁵
5.3 「以不變應萬變」的生存伎倆
「進化論」支持者在構建「進化樹」的過程中，為了自圓其說而添補漏洞，去解釋達爾文提出的原版、線性、單一的「進化論」所無法解釋的現象，有目的地引入了平行進化（parallel evolution）²⁵⁶、發散進化（divergent evolution）²⁵⁷、趨同進化（convergent evolution）²⁵⁸等等新概念，不斷擴展原版進化論所涵蓋不了的「進化」模式。
比如，為了解釋為什麼章魚的眼睛具有與人的眼睛相同的複雜結構，就提出了所謂「平行進化」；再比如為了解釋為什麼狗和狼的共同祖先能分別進化出狗和狼這麼不同的物種，就提出了所謂「發散進化」。
可是，殊不知，這些被設計出來的進化新模式，早已經打破了原版達爾文的框架，原版的「進化假說」已經不知不覺嬗變為一個奇奇怪怪的理論體系。而進化論支持者不管生物如何千變萬化，有一個中心思想是永恆不變的，那就是永遠都要在「進化」的框子裡面演變，永遠都將其歸入「進化樹」的形形色色的變化模式之中。
這就是「系統進化樹」為了應對各種難題和困擾所採取的「以不變應萬變」的生存伎倆。
六、自相矛盾的「分子鐘」
在建樹的過程中，人們通常會用到分子鐘（Molecular clock）技術，分子鐘也叫基因鐘、演化鐘，也就是根據某些基因的突變率推斷兩個或多個生物在演化歷史上分離的時間，因此，分子鐘已成為系統進化分析的重要組成部分和重要工具。²⁵⁹
經常被用來判定生物親緣關係遠近的蛋白質的基因有：細胞色素C、組蛋白、血紅蛋白和纖維蛋白肽等。根據不同的蛋白質來計算，會有一個不同的分子時鐘。
例如，細胞色素C（Cytochrome C）位於細胞內的線粒體之中，是生物氧化過程中的電子傳遞體。其作用原理為在酶存在的情況下，對組織的氧化、還原有迅速的酶促作用。進化論學者通常認為細胞色素C是一種進化上保守的分子，所以它經常被用來分析生物之間的親緣關係。
微生物學家邁克爾‧道頓（Michael Denton）博士在《進化論：陷入危機的理論》（Evolution: A Theory in Crisis）中指出²⁶⁰：
人和鯉魚的血紅蛋白序列相差50%，細胞色素C僅相差13%。如果進化假說是正確的，血紅蛋白分子鐘在以比細胞色素C更快的速度「進化」。也就是說，有兩種以不同速率滴答作響的分子鐘。
不僅如此，由於有數百個不同的蛋白質家族，每個家族都表現出其獨特的種間變異程度，有些大於血紅蛋白，有些遠小於細胞色素，因此不僅僅是兩個時鐘，而是數百個蛋白質家族，每個家族都被視為以其獨特且高度特異性的速率運行。
毫無疑問，不同蛋白質的不同「進化速率」已經成為人們描繪「系統進化樹」一個不可逾越的分子壁壘。因此，分子鐘自首次使用以來的幾十年間，從最早的、簡單的同速模型，已經變得越來越複雜，建立模型和方法也越來越複雜。選擇什麼樣的分子鐘模型來建樹，絕不是一項簡單的任務。²⁶¹
問題的複雜性不僅僅如此，使用任何一種所謂的「進化上保守」的蛋白質分子來構建「系統進化樹」，都會出現與之前按照「進化論」所假設的前提相矛盾的結果。
道頓還指出：「儘管細胞色素C序列在不同的陸生脊椎動物中有所不同，但它們與魚類的序列是等距的。在分子水平上，沒有魚類→兩棲動物→爬行動物→哺乳動物的進化軌跡。因此，傳統上一直被認為介於魚類和其它陸生脊椎動物之間的兩棲動物，在分子方面與魚類的距離與任何爬行動物或哺乳動物的距離一樣遠！對於那些熟悉脊椎動物進化的人來說，這個結果確實令人吃驚。」²⁶²
沒有跡象表明，被進化論認為的「高等」生物比「低等」生物「進化」得更多。
原核生物細菌的細胞色素C的胺基酸序列，與酵母、小麥、蠶蛾、鴿子和馬等真核生物，都具有接近的相似度（64%～69%）。脊椎動物如七鰓鰻、鯉魚、烏龜、鴿子和馬的細胞色素C序列，與無脊椎動物蠶蛾的細胞色素C差異程度都相近（27%～30%）。比較鯉魚和牛蛙、海龜、雞、兔、馬的細胞色素C，其差異均為13%～14%。
也就是說，沒有中間過渡類型的細胞色素C，這一點，與第一章提到的沒有中間過渡物種類似，再一次否定了達爾文所提出的物種從低到高慢慢進化的錯誤假設。
這些分析表明，如果進化樹的概念是存在的，而且細胞色素C基因的變化可以代表整個基因組的變化的話，應該出現從圓口綱脊椎動物→魚→兩棲動物→爬行動物→哺乳動物或鳥按照進化關係遠近成比例的細胞色素C基因的差異，但是並沒有這些證據，反而證明了各種物種的產生應該是突然爆發的，基本是平級的關係，就像線粒體DNA條形碼研究分析的結果那樣。
總之，無論用哪一個「分子鐘」，都會出現與「進化假說」理論發生矛盾的結果，不能自圓其說。
也就是說，即使用「進化樹」「分子鐘」的理論來計算，還是推導出與「進化樹」自相矛盾的結果，有力地證明了這個所謂的理論體系根本就是錯的。
七、基因的未解之謎
除了上述的局限性，目前所採用的基因都是編碼蛋白質的基因，而其實生物體內還有大量的非編碼基因，這些基因在「系統進化樹」中的位置，甚至根本沒有體現出來。
7.1 基因裡的「黑匣子」
人們曾經認為，人類的98%的基因都是由毫無意義的非編碼、無功能的DNA組成的，又被稱為「垃圾」DNA。最近的發現表明，這與事實相去甚遠。²⁶³
人類基因組有大約20,000個蛋白質編碼基因，其中包含製造構建、維護和修復我們身體所需的特定蛋白質的指令。這些基因僅占我們基因組的2%，長期以來，我們DNA的其餘98%被認為是「垃圾」。然而，在過去十年中，研究人員越來越多地使用全基因組測序和其它「組學」技術，對非編碼區域有了重新認識。
基因使用三鹼基密碼來指定將形成特定蛋白質的胺基酸序列。編碼蛋白質的DNA密碼不是直接讀取的，首先細胞會在一種非常相似的RNA分子中製作一個拷貝，這個過程稱為轉錄。RNA包含編碼蛋白質的外顯子區域以及被稱為內含子的非編碼區域。
然後，內含子被移除，外顯子被「拼接」在一起形成mRNA（信使RNA），這需要剪接體（spliceosome）的精密控制，在正確的位置將內含子切掉並將外顯子連接在一起。這必須是在正確的方向和位置，如果外顯子連錯一個核苷酸，就會產生巨大的差異。最後，被剪接後的RNA分子在核糖體的幫助下，被解碼合成蛋白質。
如果進化論是正確的，自然選擇為什麼會讓那些被認為是垃圾的98%的基因存留下來？為什麼生物會進化出如此精密複雜的內含子序列，還有如此複雜的剪切步驟才能拼接出DNA中的有編碼的區域？這個過程似乎浪費了大量的時間。
認為內含子無用的認識，其實是荒謬的。人們不知其功能，並不意味著內含子沒功能。
這種非編碼DNA已被發現有許多用途，有充分的證據表明，它作為精心設計的遺傳信息網絡的一部分，具有重要作用。例如對整體基因組結構和功能進行調控。一些被稱為microRNA（miRNA）的非編碼RNA可以調節其它基因編碼的蛋白質的產生，並且在人類、小鼠和斑馬魚體內的功能幾乎相同。所以，把它當作垃圾DNA，是錯誤的。
7.2 蕨類植物撼動進化樹
根據「進化樹」的假說，進化樹上較早出現的物種和較晚期才出現的物種相比，遺傳物質應該更加簡單、數量應該更少。可是人類有23對染色體，鳥類通常有40對染色體，更令人驚訝的是，起源於非常久遠年代的一種小小的蕨類植物，竟然擁有現有地球生物中最多的染色體──720對。水蕨的基因組具有123億個鹼基，是人類基因組的3.8倍多²⁶⁴。
如果進化假說成立的話，生命應該由簡單向複雜進化，為什麼古代的生物會有這麼多的染色體，而地球上具備最高等智慧的生物──人類，所擁有的染色體和基因數量還不如古代的一種植物呢？外表簡單、基因卻如此複雜的蕨類植物，顯然無法用進化假說來解釋。
難怪分子遺傳學家羅伯特‧費爾德曼（Robert Feldman）認為：「我認為『生命之樹』的這三大區域（古細菌、細菌和真核生物）是否會站得住腳，是一個懸而未決的問題。」²⁶⁵
所以達爾文進化假說根本無法解釋物種在基因上的巨大差異；而物種基因的差異，更無法推出達爾文所假定的親緣關係。達爾文進化假說再一次被證明是錯誤的。
進化樹是根本就不存在的「假想之樹」，分子鐘也是根本不存在的「假想之鐘」。
因為進化論長期的影響，人們已習慣被灌輸「系統進化樹」所描述的生物起源假說，這樣的思維模式已深入人心。若否定了系統發生樹這樣的理論，可能會讓許多人難以接受，特別是在分子生物學領域工作的人，他們會說：「我們每天都在進行基因測序和分析基因突變的相關研究。如果一下子沒有了系統發生樹，那麼一切物種又是從哪裡來的呢？我們又該幹什麼呢？」
其實，所有事物都有起源，就像宇宙也有其誕生過程一樣，萬物也都有一個起源和建立的過程。大家都知道樂高（LEGO）玩具，數百個相似的零件，可以根據組裝者的設計意圖組合成許多不同的形狀，每次組裝出的產品都可以千差萬別、截然不同，或是飛機，或是城堡等等，林林總總。
那麼這些飛機和城堡是否一定需要一個共同祖先、不同組裝產品之間是否一定需要一個親緣關係呢？實際上，進化論起源於無神論的思考方式，僅僅基於對物質世界的表面觀察，並套用了錯誤的理論和分析方法，得出了錯誤的結論的同時，使人加深了對無神論的盲目膜拜、放棄了對生命的精神和靈魂層面的探索。
既然我們已經發現乘坐的是一艘漏洞百出的破船，何不乾脆放棄、另外找一個更安全牢固的船舶順利到達目的地？沒有了「系統進化樹」、沒有了進化論，地球照樣運轉，物種照樣繁榮。放下了深重思想枷鎖的人，可能更有時間、更有機會來深入思考生命現象的本質，探索生命和大千世界的奧祕。在接下來的章節中，我們將從更多層面對此進一步闡述。
八、否定進化假說的十三個要點
無論從理論到實驗、從宏觀到微觀、從歷史到現代、從細胞到分子、從傳統和現代生物學的角度，無論何時何地、用何種方法透視進化假說，人們都沒有找到任何支持進化假說的證據；相反，下面十三個方面的錯誤，足以否定進化論，總結如下：
第一，以偏概全：達爾文一開始就犯了基本邏輯錯誤，用種內變異（後被稱為「微進化」）的例子錯誤地推導出種間進化（後被稱為「廣進化」）的結論。
第二，混淆概念：用「微進化」魚目混珠、模糊其與「宏進化」之間的巨大差異，達到混淆視聽的效果。
第三，驗證失敗：科學家做了各種各樣的實驗，包括米勒燒瓶實驗、喬伊斯等做的RNA實驗和蘭斯基的大腸桿菌實驗，試圖驗證進化假說，結果都以失敗告終。
第四，違反自然規律：亘古不變的「活化石」和「人工育種」不產生新物種等基本科學事實，都證明環境不能改變物種。達爾文的進化思想違反了自然界物種保持穩定的鐵律。
第五，人不是猴子變的：猴子和人之間，從生物學、基因、蛋白質、社會學和思想行為方面來看都差異巨大，本質完全不同；沒有化石證明人猿先祖的存在，沒有任何證據能證明或推導出猴子可能進化成人。
第六，不是「慢慢演化」而是「突然爆發」：沒有一塊化石能證明進化假說，寒武紀化石和線粒體DNA研究提示地球上的生命是以大爆發的形式產生的；地球上的生命不是單一線性慢慢演化，更可能是多次爆發→滅絕的重複循環。
第七，不是「自然選擇」而是「有意設計」：長頸鹿的脖子為什麼這麼長？「進化論」所解釋的食物短缺和性選擇假說都是牽強附會的無稽之談；達爾文在《物種起源》中坦率承認「如果以為眼睛是可以通過進化形成的，那就真是荒誕到極點」。
第八，看似「結構退化」其實「大有用處」：人體功能十分複雜精妙，不是人眼所看到的大小結構反映出來的，結構不能代表功能，結構變小不代表功能上變弱，例如切除扁桃體可能會增加感染、肺病等發病風險；松果體雖然萎縮，但對內分泌、神經、視覺、生殖和免疫都發揮著重要作用；胸腺雖然萎縮，卻還具備調節內分泌、神經和壽命的功能。
第九，不是「殘酷競爭」而是「共生互惠」：儘管在自然界中也存在競爭和求生的壓力，但達爾文錯在把它絕對化、極端化地描述成為一種規律，用這種弱肉強食、殘酷競爭的冷酷關係，定義自然生物之間的基本關係，以此作為「物種進化」的動力，而其實，自然界生物之間能夠穩定繁榮下去的基本關係是「共生互惠」，共生互惠的基本關係有助於維持物種的多樣性和生態的穩定性。生物界中「共生互惠」的例子俯拾皆是，已有科學實驗證明老鼠和猩猩都自發地幫助弱勢同伴，何況有理性、有道德的人？有些人把基因說成是「自私」的，但基因本身並沒有道德或善惡的概念，人作為有理性和道德的生物，可以自覺地追求道德和善良。
第十，不是「科學事實」而是「欺騙造假」：在博物館、科學論文、教科書中，後人為了支持進化假說而編造出來的假證據比比皆是。德國海克爾編造的「胚胎重演論」「皮爾敦猿人」被BBC稱為英國史上最大的科學騙局，所謂的「內布拉斯加男子」原來是豬。
第十一，生命的複雜高效否定「進化」：生物系統、細胞極為複雜，且可以高效運作，絕對不可簡化。且不說讓達爾文感到震撼的眼睛，真核細胞就像一個最先進的筆記本電腦，肝臟細胞就像人體的生化工廠，細菌鞭毛堪稱高效精密的分子馬達，人體的免疫系統像是一個智慧奇妙的海陸空防禦系統，神經系統像是一個複雜精妙的信息接收處理系統，這些都完全無法用進化假說進行解釋。
第十二，基因與「進化」背道而馳：大量基因研究的現代成果毋庸置疑地說明大部分基因突變其實是「有害」的，生命主旋律不是「進化」，而是「退化」。中性學說從根本上動搖了自然選擇假說，也就是某個基因能不能被保留下來，不是靠環境選擇，而是靠某種不可知的「運氣」；「定向突變」也對達爾文進化假說體系的「隨機突變」理論形成巨大挑戰。
第十三，「系統發生樹」是沒有根據的假想之樹：樹上的「節點」是假想的，生物界不同物種之間的親緣關係是假想的；在系統進化樹的分析中會出現不可避免的拓撲學錯誤。用達爾文錯誤的「物種進化」思想試圖去理解生命的起源、解釋生命基因的大數據，就像盲人摸象，永遠也無法獲知大象的全貌，又像海中撈月，永遠只能是幻想。
開始拿到基因數據的科學家如獲至寶，可是難題紛沓而來：到底選哪個基因？同樣數據，用不同的方法分類，會產生很不一樣的輩分關係。剛剛還是爺爺，又被鑑定為孫子，輩分混亂；不同速率滴答作響的分子鐘也讓人無所適從，無論用哪個分子鐘，都能推導出自相矛盾的結果，這一點足以證明「進化樹」是一個完全錯誤的理論體系；基因裡的「黑匣子」非編碼DNA，更是讓科學家無從下手；一種小小的蕨類植物，居然擁有地球生物中最多的染色體，這也足以撼動進化樹。
總而言之，進化假說沒有任何科學憑據，本質上違反基本科學精神、違反科學原理。進化假說是偽科學。
九、千名科學家質疑「20世紀最大的謊言」
從1859年達爾文的《物種起源》問世以來，不斷受到宇宙學、物理學、生物學等多學科和新發現的挑戰。達爾文的進化假說與事實之間有很多矛盾。隨著時間的推移和研究的深入，這些矛盾變得更加尖銳、不可調和。
分子生物學家、醫學博士道頓（Michael Denton）在1985年出版的《進化論：陷入危機的理論》（Evolution: A Theory in Crisis）一書中稱達爾文進化假說是「20世紀最大的謊言」。²⁶⁶
2001年美國一群優秀科學家創立了美國智庫發現研究所（Discovery Institute），他們在發起的「對達爾文主義進化假說的科學質疑」宣言中寫道²⁶⁷：「我們質疑達爾文宣稱的用生物隨機突變和自然選擇論來解釋複雜的生命，我們鼓勵（人們）謹慎檢驗達爾文理論存在的證據。」
宣言聯署者來自美國、英國、日本、俄國、以色列、香港、捷克、匈牙利、印度、尼日利亞、波蘭等多個國家和地區，是從事進化生物學、生物學、化學和其它自然科學研究的國際著名教授、博士、科學院院士等。他們中有些在國際知名大學從事科研工作，如英國劍橋大學、美國哈佛大學、耶魯大學、哥倫比亞大學、斯坦福大學、加州大學、康奈爾大學、普林斯頓大學、布朗大學、賓夕法尼亞大學等。
聯署者還包括多名曾得到諾貝爾獎提名的科學家，如進化生物學家士丹利‧薩尓斯（Stanley Salthe）、喬治亞大學量子化學家亨利‧舍費爾（Henry Schaefer）、俄羅斯自然科學院胚胎學家利瓦伊‧比洛斯夫（Lev Beloussov）和美國科學促進會研究員賴尓‧詹森（Lyle Jensen）。
「發現研究所」的網站上寫道：「這是科學家關於他們──對與新達爾文主義有關的科學證據的評估以及對現代達爾文理論證據有仔細審查的必要性──給予肯定的專業聲明。」「達爾文主義的科學異議聲明是為了糾正公共記錄，表明有科學家支持公開審查與現代達爾文理論有關的證據，並質疑新達爾文主義能否解釋自然世界的複雜性和多樣性。」
截至2020年4月，已經有化學、生物學、醫學、物理學、地質學、人類學、古生物學、統計學及其它領域的一千一百多名科學家和研究人員簽署了這份針對達爾文進化假說的質疑宣言。
2018年，印度人力資源發展部部長薩蒂亞帕爾‧辛格（Satyapal Singh）認為達爾文理論「從科學上來說是錯誤的」，因為沒有「看到任何一隻猴變人」，並敦促將達爾文進化論從學校課程中刪掉²⁶⁸。印度新德里的一些學校已經放棄教授達爾文的進化假說²⁶⁹。
十、為什麼進化假說一直持續至今？
儘管科學家們發現進化假說是一個漏洞百出的學說，為什麼它在科學界仍然占據主導地位、欺騙世界一百多年？其中原因眾多。
首先，科學界具有的思維慣性。現代科學的發展通常是以前人的研究為基礎，吸收其成果，通常不太會徹底拋棄或推翻之前的研究。因為理論學說的慣性，一些原有理論體系的內容已經被發現是錯的，但因為其中有些觀點看上去似乎也有一定道理，學術界還是把它作為一種研究或觀點保留，不徹底推翻。科學界的思維慣性一般都不願意跳出原來的思維框架去徹底反思。
第二，進化假說片面認為人是物質結構的組合體，忽視了人的能量和精神特性，而後者才是人更本質的屬性。停留在單純的物質層面上探索生命起源，不可能抓其本質、看到真相，只能被進化假說越繞越糊塗。這一點會在第四、五章詳細論述。
第三，未經證明的進化假說，已經堂而皇之地進入學校課堂被大肆宣講。質疑「進化假說」的科學發現被歪曲，質疑的文章被延誤發表，質疑「進化假說」的科學家被打壓。這種學術觀點的排他性壟斷，實際上對人們起到了某種程度的洗腦作用，造成越來越多的危害、形成惡性循環而不能自拔。這一點會在第六章詳細論述。
第四，以分析型思維為主的現代實證科學，試圖尋找一種和傳統文化不同甚至對立的對生命起源的解釋。這種從未證實的假說卻被擴展到了社會科學和人文科學中，造成的惡果遠遠超出生物學領域。進化假說的生存競爭邏輯一旦運用於社會實踐，就摧毀了人類道德的根基，使人類物化以致墮落。這一點會在第七章詳細論述。
第五，19世紀宗教敗壞後，人類社會出現信仰危機，加上工業革命後科學技術蓬勃發展、人類生產力大增、可以使用機械，進化假說是在這樣的背景下產生的。就如青少年進入叛逆期一樣，人們容易拋棄傳統的價值觀，尋求新奇和叛逆的學說。這一點我們會在第八章詳細論述。
前面的第一章，我們為大家疏理了進化假說的邏輯錯誤、否定進化論的實驗數據和科學事實；第二章是破除進化假說的基本迷思；第三章深入解讀了否定進化假說的現代分子生物學研究成果。
基於前面三章的大量科學研究和試驗證明，進化假說已經被徹底否定了。它甚至連假說都談不上，更應該從教科書中被刪除。那麼，人的生命到底是怎麼來的，我們在下面的章節將繼續探討。待續。
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《透視「進化論」》寫作組
點閱【透視「進化論」】系列文章。
【前言，第一章：進化論是未經證實的假說（上），第一章：進化論是未經證實的假說（下），第二章：破除進化假說的經典迷思（上）第二章：破除進化假說的經典迷思（中）第二章：破除進化假說的經典迷思（下）第三章：分子生物學否定進化假說（上）第三章：分子生物學否定進化假說（中）】
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